Có 97% dân số tuân thủ Hồi giáo.[21] Hầu hết là người Hồi giáo Sunni. Một số ít người theo Hồi giáo Shia hoặc Sufism. Ngoài ra còn có Giáo hội Công giáo Coptic và Chính Thống giáo Hy Lạp ở Khartoum và các thành phố khác ở phía Bắc.

Ngoài ra còn có các cộng đồng Chính Thống giáo Ethiopia và Eritrea ở Khartoum và phía tây Sudan, phần lớn là những người tị nạn và người di cư từ vài thập kỷ qua. Nhóm Kitô giáo khác nhỏ hơn trong nước bao gồm Giáo hội Công giáo Phi châu bản địa, Giáo hội Tông Đồ Armenia, Giáo hội Sudan của Chúa Kitô, Giáo hội Nội vụ Sudan, Nhân chứng Jehovah, Phong trào Ngũ Tuần, Tin Lành phái Presbyterian Church (ở miền Bắc). Tôn giáo đóng một vai trò trong việc chia rẽ chính trị của đất nước. Hồi giáo đã thống trị hệ thống chính trị và kinh tế của đất nước kể từ khi độc lập.